Genome ResearchがCSHLPより刊行されて10年が経過したとの事です。Nature geneticsやHMGの創刊後に刊行されたことから、他のCSHLPのジャーナルに比べればやや印象の薄い雑誌となったのかなと思いますが、玄人好みの渋い雑誌ですね。刊行後はGenomicsに急速に追いつたのも事実で、創刊10周年なのかと思うと時の経過は無為慈悲だなと思います。
特集号を手に取ると、酵母、真菌類、シロイヌナズナ、穀物、腺虫、ショウジョウバエ、ホヤ、魚類、ニワトリ、家畜、イヌ、実験動物等のgenomicsに関して、その道の専門家がscopeとretrospectiveを提示しており、民主的だなーと感じた次第です。
で、読んでとても面白かったのは、Ostrander とWayneのThe Canine genomeのセクションでした。ヒトの集団における平均的な連鎖不平衡のインターバルはD’0.5=0.028Mbと考えられるのに対して、イヌは品種毎でかなり開きがあるというものです。Golden retrieveはD’0.5=0.48Mb, Labrador Retrieverは0.81Mb、最も近親交配の進んでいるAkitaで3.7Mbといった具合で品種間で実に10倍近い開きがあるわけです。
ホールゲノムによるassociatiation studyをデザインするとしたら、ヒトでは5x10^5のSNPを調べなければ無理と推察されるのに対して、品種によりますがイヌでは1X10^4の座位を診たら良いわけで、同じ力技をやるにしてもこっちが「賢いネー」となります。既に、イヌにおいても2.1x10^6程度のSNPが見出されており、面白い成果が出てくるのでしょうね。
Genome Research 15:12
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